Đến ngày 24.10, bệnh nhân được chuyển đến BV Bệnh Nhiệt đới. Mặc dù đã được điều trị hồi sức tích cực và Tamiflu liều cao, nhưng tình trạng suy hô hấp vẫn không được cải thiện và bệnh nhân được đặt nội khí quản giúp thở bằng máy.

Đến 29.10 (ngày điều trị thứ 11), phổi tổn thương tăng lên và xét nghiệm PCR vẫn cho kết quả dương tính. Điều đáng ngạc nhiên là đến ngày 30.10, mẫu xét nghiệm PCR mới nhất của bệnh nhân đã cho kết quả âm tính với cúm A/H1N1, thế nhưng tình trạng bệnh không có dấu hiệu suy giảm. Đến ngày 13 giờ 15 ngày 3.11, BV Bệnh Nhiệt đới thông báo bệnh nhân đã tử vong sau 16 ngày điều trị cúm A/H1N1.

Theo đánh giá của các BS, đây là một trường hợp nhiễm cúm A/H1N1 không những có thời gian điều trị kéo dài, mà còn là trường hợp đặc biệt đi ngược với quy luật chung (có kết quả âm tính mà vẫn tử vong). Trước đó, ngày 31.10, một bệnh  nhân  ở Yên Viên, Gia Lâm, Hà Nội cũng tử vong do cúm A/H1N1.